北京交通大学2016年学校招生总规模4100人，其中本科计划3900人，高职计划200人。本科招生计划比去年增加100人，其中本部校区3500人，威海校区400人。其中本科在京计划招生183人，与去年大致持平。2016年将有北京交通大学、北京交通大学（中外合作专业）、北京交通大学(威海校区)三个招生单位，各个招生单位所招专业分别为普通类专业、学校本部的中外合作办学专业以及在威海校区就读的中外合作办学专业。
2016年起开始全面实施本科大类招生，除了中外合作办学专业和艺术类专业外，全校49个专业或方向按学院统一招生，因此2016年全校本科减少到13个专业（类）。绝大部分按大类招生的专业入学后按大类统一进行教学培养，第二学期到第四学期时学生根据前期的学习成绩、专业意向以及专业容纳数等情况，选择大类专业中所包含的一个专业或专业方向继续学习，毕业时成绩合格者获得所选专业的毕业证书。个别大类专业在新生入学时进行专业分流。
北京交通大学招生就业处处长史贞军称，2016年将计划重点向高考报名人数多、重点高考录取率低的省区倾斜，在河北、山西、内蒙古、安徽、山东、河南、广东以及广西、贵州、云南、甘肃等多个省区增加了招生计划，西部省区计划占比达到28.54%，比去年略有增加。
2016年在北京地区的普通类专业招生录取中，试行对填满6个专业志愿且不重复的理工类考生，如果符合录取要求，将完全满足考生的专业志愿，不再调剂；文科有三个招生专业，文科考生只要填满3个志愿且不重复，学校都会满足考生志愿。2015年学校在北京录取考生专业志愿满足率为95.08%，2016年尽量将这个比例提升到100%。
